Prototype 2 (рус. Прототип 2) — компьютерная игра в жанре научно-фантастического экшена с элементами RPG, разработанная компанией Radical Entertainment. Релиз состоялся 24 апреля 2012 года для платформ PS3, Xbox 360. Игра для PC вышла 24 июля 2012 года.

Сюжет

Предупреждение: во время прохождения игры сюжетных миссий может быть одновременно две, поэтому описанный ниже сюжет может не совпадать с развитием событий у некоторых игроков

Действие этой игры происходит спустя 14 месяцев после событий первого эпизода. После относительного затишья "вирус Мерсера", как его называет Gentek, вновь терроризирует Манхэттен. Человек, с которого и начался весь этот кошмар, Алекс Мерсер, обрёл ужасающие по мощи способности. Он представляет постоянную угрозу как для жителей, так и для членов организации Blackwatch (Черный Дозор), чей спецназ «железным кулаком» наводит порядок в Нью-Йорке.

Сюжет начинается с телефонного разговора сержанта Джеймса Хеллера, находящегося в "горячей точке" на Ближнем Востоке, со своей семьей (дочь Амайя и жена Колетт). Колетт рассказывает мужу, что вирус вновь в городе. Хеллер пытается успокоить жену, говоря, что скоро вернется, и семья уедет из города, пока все не наладится. Однако вернувшись домой, Джеймс обнаруживает, что его семья погибла в ходе эпидемии. Он винит во всем Алекса Мерсера, жаждет убить его, считая его виновным в смерти близких, и вызывается добровольцем на самоубийственное задание в центре заражённой зоны. Но БТР с военными, в котором находится Хеллер, сбивает брошенная машина (очевидно, ее бросил Мерсер). Все военные, кроме Хеллера, погибают. После провальной попытки зарезать Мерсера ножом Хеллер начинает следовать за ним, попутно встречая почти всю фауну Красной Зоны: зараженных птиц (Летунов), Крикуна (аналог Охотника из первой части игры), Голиафа (огромнейшего монстра с огромным щитом на левой "руке", которым он сметает все на своем пути). Также Мерсер сбивает военный вертолет, от которого Хеллер уклоняется. Джеймс успешно избегает все угрозы, затем ножом убивает набросившегося на него Крикуна. После он вновь встречает Мерсера, однако попытка убить его вновь проваливается: Алекс инфицирует протагониста. Просыпается Джеймс в лаборатории в Желтой Зоне, где над ним проводит опыты доктор Кенинг. Он считает Хеллера бесценным образцом, так как тот заражен и при этом остается живым человеком. Однако настрой доктора портят полковник BlackWatch Дуглас Рукс и его правая рука лейтенант Клинт Райли. Они говорят доктору, что в случае провала экспериментов Хеллера надо сжечь. Для начала доктор натравливает на Джеймса обычных зараженных, с которыми главный герой легко справляется благодаря новым способностям. Осознав угрозу от Хеллера, Рукс сжигает его, говоря, что "второго Мерсера не хватало", а затем посылает двух солдат проверить, убит ли Хеллер. Тот внезапно оживает и поглощает обоих, восстанавливая тем самым свое здоровье, и сбегает. На улице он встречает Мерсера. Тот объясняет ему, что не виноват в распространении вируса и смерти семьи Джеймса. Доказывает он это, показав Хеллеру воспоминания одного из солдат Черного Дозора. Также он просит помочь ему в "уничтожении Дозора, Gentek (и призрачно упомянул вирус)", найдя ДНК какого-то монстра. Хеллер, все же, не верит Алексу и решает обдумать все, как следует. Игрока знакомят с некоторыми особенностями игрового процесса, затем Джеймс осматривается в Желтой Зоне. Хеллер видит церковь и идет туда к отцу Гуэрре, который оказывается весьма осведомленным в делах Дозора и Gentek. Он посылает протагониста найти командиров Черного Дозора, чтобы получить зацепку, отправную точку в мести Джеймса. Гуэрра боится Дозора, герою предстоит поменять его представления о нем. По ходу выполнения миссии открывается способность "Охота", помогающая искать цели для поглощения. Поглотив командиров, Джеймс выходит на Рукса, однако найти его пока не может. Чтобы убедить Гуэрру присоединиться к нему, Джеймс отправляется в парк, где показывается вся суть Желтой Зоны: солдаты Черного Дозора натравливают Крикуна на мирных жителей. Хеллер легко останавливает монстра и поглощает его, получив первое оружие ближнего боя - Когти. Затем убивает еще одного Крикуна и перебивает отряд Черного дозора, а затем даже БТР, тем самым давая понять Гуэрре, что можно бороться с Черным Дозором. Отец поднимает свои связи.

Первая цель - доктор Сандра Биллингсли, ведущий ученый Gentek. Поглотив ее, герой получает доступ к первому терминалу //BlackNet, через который выходит на доктора Дженовезе, однако поглощение ее ничего не дает. Все же, Хеллеру удается через соседний компьютер найти координаты базы, на который находится Рукс. Далее его снова настигает неудача: на совещании на этой базе Хеллеру не удается поглотить Рукса, но он узнает о докторе Шаффелде, ставящем эксперименты на людях. После его поглощения Джеймс узнает о некой "первой фазе". Прибыв на базу Лонгшедоу, Хеллер обнаруживает там исследовательский комплекс, в котором изучают Гидру. Но что-то идет не так, Гидра просыпается и крушит все вокруг. Убив и поглотив ее, герой получает Щупальца (мощное оружие ближнего боя) и сбегает из комплекса. Доктор Берк беспокоится о провале эксперимента и боится за свою жизнь, так как Хеллер без проблем убивает ведущих ученых, но его успокаивает доктор Беллами: ДНК Гидры собрано достаточно для перехода ко "второй фазе". Гуэрра посылает нас на полигон Джефферсон, опираясь на данные нового помощника - персоны под кодовым именем "Афина". Там Хеллер обнаруживает и поглощает Джаггернаута, получив тем самым Щит.

Тем временем Черный Дозор нападает на церковь в надежде убить отца Гуэрру и поспешившего на помощь Хеллера. Им это не удается, но Джеймс и отец решают, что нужно уходить из Желтой Зоны. Хеллер остается, чтобы завершить дела с экспериментами Gentek. Сначала Хеллер поглощает доктора Беллами, которого уже собирались перевезти в Зеленую Зону. Остаются лишь доктор Берк и доктор Кенинг. Сначала Джеймс берется за Кенинга, но тот предлагает ему помощь и рассказывает и проекте "Орион" - проект Суперсолдат. Хеллер срывает его, убивая всех суперсолдат и уничтожая базу, где находится проект, но доктор Берк по рации говорит, что есть еще полигон, где размещен суперсолдат "второй фазы". При успешном клонировании его ДНК проект "Орион" обретет новую жизнь. Кенинг дает Хеллеру координаты полигона, герой без труда убивает там всех и поглощает Берка. Из его воспоминаний он узнает, что Кенинг хочет его убить и решает покончить со лживым доктором. Однако не все так просто: Кенинг оказывается Развитым - инфицированным со способностями, аналогичными способностям Хеллера. Все же Джеймс поглощает его и узнает, что Мерсер собирает армию зараженных, внедряя их всюду, на все высокие посты. Это подтверждает сам Алекс: он прилетает к Хеллеру и говорит, что с армией Развитых они уничтожат все. После ухода Мерсера Хеллер называет его лживой тварью. Затем звонит Гуэрра и говорит, что Джеймсу надо в Зеленую Зону - у "Афины" плохие новости. Герой использует воздушный мост - Хеллер, поглотивший командира Черного Дозора и прикинувшийся им, попадает в Зеленую Зону.

Зеленая Зона оказывается не такой безопасной, как кажется: там много мутантов, лезущих по тоннелям. Вместо желанного инструктажа Хеллера посылают убивать мутантов. Он получает возможность угонять и управлять бронетехникой. После выполнения миссии наконец-то наступает инструктаж (Хеллер расчитывает узнать что-то о Сабрине Галловей, еще одной Развитой в армии Мерсера, занимающей важный пост). После инструктажа протагонист направляется к Гуэрре. Тот говорит ему, что Афине с друзьями удалось обнаружить очаг второго заражения и его виновника. Очагом оказывается , как ни странно, тот же Пенсильванский вокзал, где Мерсер год назад разбил пробирку с вирусом, дав начало первому масовому заражению. А виновником повторного заражения оказывается... Алекс. Он выпускает из себя облако с инфекцией, снова заражая Манхэттен, в том числе, семью Хеллера. Джеймс подавлен. Он клянется убить лживого Мерсера. Но сначала надо остановить его Развитых и деятельность Gentek, пока они не натворили бед. Отец Гуэрра рассказывает ему о проекте "Белый свет", лекарстве от вируса. Они оба заподозривают что-то неладное, и Хеллер отправляется узнать, что же это за проект. Найдя командира исследований, он обнаруживает, что тот Развитый, поглощает его и узнает, что вирусу можно придать побочные эффекты. При этом он получает новое оружие - Клинок.

Позже Хеллер находит Сабрину Галловей, но она предлагает ему услугу: она выдаст ему всех Развитых Мерсера, а он не станет убивать ее. Джеймс соглашается. Первый, кого Сабрина выдает - д-р Роланд. Прикинувшись солдатом Черного Дозора, Хеллер следует к точке эвакуации, но убить Роланда ему не удается - тот тоже Развит. Позже он сам звонит протагонисту, пытаясь разозлить его. Галловей снова находит Роланда, но тот скрывается в Логове, где Джеймс обнаруживает модификацию Джаггернаута. Он поглощает его и получает новое оружие - Руки-Молоты. Затем он поглощает Роланда и узнает, что Мерсер слишком заинтересован в сохранении "Белого света", что наводит на раздумья. Еще он получает модификацию Щита - шипованный Щит. После этого Гуэрра направляет героя на совещание, где он узнает координаты преемников д-ра Кенинга и поглощает их, а затем и лейтенанта Райли, что дает ему большое преимущество. Позже следует звонок Рукса о том, что д-р Арчер, одна из главных преемников Кенига, пропала. Рукс рассказывает Хеллеру под видом Райли, что последний, кто исчез - д-р Гутьеррес. Джеймс идет искать его и наблюдает интересную картину: один из Развитых использует необычную способность наподобие Черной Дыры. Поглотив мутанта, протагонист получает эту способность - Био-Бомбу. Затем он поглощает связного Арчер и, наконец, д-ра Гутьерреса. Попутно он узнает, что Мерсер что-то внедряет в Белый свет. Оказывается, что это его собственные культуры. Поглотив д-ра Арчер, Джеймс получает новую способность - Вожак стаи. Хеллер становится свидетелем деяний Мерсера и его мутантов - после выпуска цистерны Белого света солдаты становятся Развитыми. Убив всех, герой направляется к комплексу по производству "лекарства", но там его настигает Мерсер. Он пытается убить Хеллера, но он оказывается сильнее других мутантов. Тогда Алекс обещает ему страдания. Затем протагонист встречает Голиафа, который собирается взорвать цистерны с Белым светом, превратив тем самым Зеленую зону в еще одну Красную. Хеллер успешно убивает его. Затем ему звонит Гуэрра и говорит, что к нему ломятся зараженные. Хеллер спешит на помощь, но не успевает - Мерсер убивает отца. Джеймс подавлен. Внезапно звонит Афина, которая на самом деле Дана Мерсер, сестра Алекса. Она сообщает Джеймсу, что находится в Красной зоне и знает что-то про его дочь, Майю.

Джеймс под видом солдата Черного дозора попадает в Красную зону и затем находит Дану.

В конце концов два монстра сходятся в финальной схватке за дочь Хеллера. Джеймса встречают Развитые, в их числе и Сабрина. Алекс поглощает их и становится супер-мутантом. Он преследует одну цель — сделать идеальный, как он считает, мир без болезней и страданий. Однако для этого он хочет инфицировать весь мир (как он сам говорит — дать ему одно тело и один разум), а Амайю, дочь протагониста - сделать "матерью этого нового мира". Единственная преграда на его пути — Хеллер. Несмотря на полученные силы, Алексу не удается победить Джеймса. Сначала он отрывает Мерсеру руку-клинок, но тот регенерирует её в руку-хлыст. Хеллер отрывает и её. Алекс пытается использовать руки-молоты, чтобы раздавить Хеллера, но он отрывает их обе. От такой травмы Мерсер не может оправиться, и Хеллер поглощает его (хотя конкретно этого мы не видим, камера направлена от лица Мерсера на Хеллера). Последнее, что сказал Мерсер перед поглощением: — "Хм. Добро пожаловать на верхушку".

Поглотив самого могучего мутанта, Хеллер получает сверхсилу. Из него вырываются длинные щупальца, которые уничтожают всех зараженных и всю биомассу в округе, а может, и во всем городе (хотя в режиме "прогулки" и зараженные, и биомасса остаются на своих местах). Он находит свою дочь. Концовка игры остается открытой: Дана смотрит на город, освобожденный от вируса, и говорит: «И что нам делать?»